Flora
El Parque Ecológico Jaguaroundi posee una riqueza florística extraordinaria y vegetaciones sumamente diversas, selva lluviosa, mezclada con ecosistemas como palmares inundables y vegetación acuática.
Representa un excelente banco de germoplasma de la flora selvática de la planicie costera. En algún tiempo esta región tuvo una mayor riqueza, por lo tanto su protección, cuidado y buen manejo son indispensables para que a lo largo de décadas recuperen su condición original.
Se encuentran 306 especies de plantas con 221 géneros de flores y 85 familias diversas, cinco de las cuales se encuentran amenazadas y dos sujetas a protección especial, de acuerdo al estatus de conservación de la NOM-059-ECOL-2001.
También se encuentran ocho especies de helechos: Acrostichum danaeifolium, Adiantum oaxacanum, Adiantum pulverulentum, Blechnum occidentale, Blechnum serralatum, Dicranopteris flexuosa, Pteridium arachnoideum, y Thelypteris meniscioides, reportadas en el inventario de flora realizado por la Universidad Autónoma de México de 1998 a 2003.
Selva alta perennifolia
Vegetación muy densa dominada por árboles de más de 30 metros de altura, con abundantes bejucos y plantas que viven enraizadas sobre otras plantas (epífitas). Permanece verde prácticamente todo el año, aunque en ocasiones algunos árboles no tienen follaje durante la fase de floración. Este tipo de vegetación se desarrolla en las tierras calientes húmedas, con temperatura media anual superior a 20 grados centígrados, precipitación media anual superior a mil 500 milímetros y una temporada seca nula o muy corta. En el parque existen 47.5 hectáreas de esta clase de selva.
Los árboles dominantes son: Terminalia amazonia ("suchi amarillo" o "sombrerete"), Calophyllum brasiliense ("bari"). Roupala montana, Nectandra sp. ("aguacatillo"), Pouteria sp., Zuelania guidonia ("trementino"), Brosimum guianense ("ojoche"), Pterocarpus rohrri ("llora sangre"), Dialium guianense (paque), Quaribea funebris, Podocarpus guaemalensis, Pouteria campechiana, Manilkara zapota ("chicozapote"), Pouteria sapota ("mamey") y Podocarpus guatemalensis.
Esta última especie de árbol, pariente de los pinos, cuyo género permanece como testigo de la última glaciación, en el pleistoceno, nos muestra que la zona fue mucho más fría y que en algún tiempo no hubo selva en este predio.
Selva mediana subperennifolia
Su extensión es de 62 hectáreas, distribuyéndose hacia la parte norte del parque. Los árboles que la habitan miden menos de 30 metros y son especies que se caracterizan por la pérdida de alrededor de la mitad de sus hojas en la época seca. Su ambiente se percibe más soleado y seco.
Los árboles dominantes son: Schefflera morototoni, Brosimum guianensis, B. alicastrum ("ojoche" o "ramón"), Vochysia hondurensis ("corpo"), y Bruñera simaruba ("palo mulato"). Árboles más pequeños: Xylopia frutescens, alibertia edulis, Mouriri gleasoniana. Cochlospermum vitifolium y Miconia argentea.
El árbol dominante es Didimopanax morototoni y en algunos sitios Miconia argentea. Entre las especies notables encontramos Mouriri gleasoniana y Xylopia frutescens.
Encinar
Bosque denso de encinos de hojas persistentes, ubicado al oeste y norte de los quemadores del complejo petroquímico La cangrejera, con una extensión total de seis hectáreas que continúa hacia los terrenos del ejido La Cangrejera 1.
La altura de los encinos es de alrededor de 12 metros. Existen dos especies de encino Quercus oleoides y Q. glaucescens, también vestigios de las épocas frías de la prehistoria.
Sabana
Constituida por diversas praderas de gramíneas, donde crecen de manera dispersa árboles de baja estatura. El área de mayor extensión respecto a este tipo de vegetación en el Jaguaroundi consta de dos hectáreas al norte de los quemadores del complejo petroquímico La cangrejera. Se establece en suelos con drenaje deficiente mismos que se tornan fangosos en la época de lluvias y se secan pronunciadamente en épocas secas, llegando a agrietarse.
Especies: árboles Curatella americana ("tlachicón"), Byrsonima crassifolia ("nanche"), Psidium guajava, P. guineense ("guayaba") y Calyptranthes sp. Herbáceas: Tripsacum latifolium, Chamaecrista hispidula, Chamaecrista flexuosa, Clitoria guianensis, Ipomoea pescaprae ("pata de cabra"), Alysicarpus vaginalis, Polygala variabilis y Zamia sp., ésta última posiblemente una nueva especie para la ciencia.
Popal-Tular-Carrizal
En el parque, tanto popal como tular y carrizal forman una comunidad contigua ubicada en la parte suroeste y con una extensión de 14.5 hectáreas. Esta comunidad se caracteriza por desarrollarse en lugares pantanosos permanentemente inundados, donde el agua alcanza un metro de profundidad. La población crece densamente y las plantas que la componen viven enraizadas en el fondo pero sobresalen del agua.
En el caso del popal la vegetación posee hojas largas y anchas, en el caso de los tulares y carrizales sus hojas son angostas y se sitúan en las orillas de los sitios inundados.
Las especies dominantes son, la Thalia geniculata en el popal, Typha dominguensis en el tular, y Phragmites australis en el carrizal. El tule y el carrizo se utilizan para artesanías y la Thalia para tamales y para envolver alimentos o flores que se desea mantener frescos.
Palmar
El Palmar es una comunidad favorecida por la inundación, por lo que en el Parque aparece colindando con los tulares, popales, y carrizales. Se encuentra ubicado frente a la entrada del Poblado Mundo Nuevo, con una extensión de 9 hectáreas. Algunos ejemplares (tipos) en este sitio parecen provenir de selvas inundables, como Zygia peckii y Souroubea loczyi.
Desde el punto de vista florístico, esta área de palmar ha resultado interesante porque presenta especies de distribución restringida. El palmar del Parque está dominado por Attalea liebmannii ("corozo"). La altura del palmar del Parque es de 10 metros, aunque algunas palmas pueden llegar a medir hasta 40 m.
Vegetación acuática
Se ubica en la parte suroeste del parque. Como su nombre lo indica, este tipo de vegetación flotante y enraizada se encuentra en los cuerpos de agua del predio.
En la vegetación flotante predominan las especies Pistia stratiotes ("lechuga de agua") y Lemna obscura, destaca la cantidad de aves, patos silvestres y caracoles.
En las lagunas próximas al camino que va al complejo Morelos se encuentran especies arraigadas como Nymphoides indica y Ceratopterys pteridoides, helecho acuático que también es una especie relictual del pleistoceno.
Otras especies que podemos encontrar son la Limnocharis flava, Equisetum giganteum y Pontederia sagittata localizadas en la parte baja de las lomas donde se asienta la selva alta.